Tomando como referencia los criterios clásicos de clasificación, podemos distinguir los siguientes tipos de microscopios.

MICROSCOPIA ÓPTICA:

M. simple:

     Lupas: Monoculares
                Binoculares

M. Compuesto:
     Estereomicroscopio
     De Luz ultravioleta
     De Fluorescencia
     De Contraste de fases
     De Campo oscuro
     De Polarización
     Microscopia de luz reflejada

MICROSCOPIA ELECTRONICA:

     De Barrido (MEB)
     De Transmisión (TEM)
     Microscopio confocal de barrido láser


MICROSCOPIO ÓPTICO.

En este tipo de microscopios, el área observada está ampliamente iluminada y los objetos que se estudian aparecen más oscuros que el fonso. Normalmente alcanzan hasta 1000 aumentos, aunque con ocualres poderosos esta cifra puede llegar a incrementarse dos veces. El límite útil de este aumento es de 2000 y la razón de este límite de amplificación, se debe al poder de resolución, entendido como la capacidad de distinguir dos puntos adyacentes como distintos y separados. Este poder de resolución se da en función de la longitud de onda de la luz utilizada y de la apertura numérica que posea el sistema de lentes empleado. Así, puede afirmarse que no siempre las amplificaciones mayores son las de más utilidad, ya que pueden no ser tan claras como otras menores.

Microscopio Simple.-

También se denomina lupa. Las lupas pueden ser: monoculares o binoculares.
Está provisto de una lente o sistema de lentes, dando una imagen virtual, derecha y mayor que el objeto, que está situado entre la lente y el foco. Suele utilizarse para la disección de animales pequeños o para la disociación de piezas histológicas.

Microscopio Compuesto.-

En este tipo de microscopios se combinan dos lentes o sistemas de lentes convergentes, colocados en los extremos del tubo: el denominado objetivo, situado más cerca del objeto y el ocular, más cercano al ojo del observador. El cabezal en función del nº de oculares puede ser: monocular, binocular ó triocular, lo que permite fotografiar el objeto de estudio.

Estereomicroscopios.-

Son microscopios dobles, con dos objetivos y dos oculares que poseen un doble prisma, el cual permite enderezar las imágenes y conservar el relieve. La iluminación es por incidencia.

De Luz Ultravioleta.-

De mayor poder de resolución que los de radiación visible, pero este tipo de imagen sólo es visible a través de la fotografia, fluorescencia o fotoemisión. Por estos inconvenientes tiene una difusión limitada.

De Fluorescencia.-

La fluorescencia es la propiedad que poseen determinadas sustancias, llamadas fluorescentes, capacer de emitir, bajo la acción de radiaciones de onda corta, otras radiaciones de longitud de onda más largas, denominadas de fluorescencia. Su uso principal es el de detectar reacciones inmunológicas.

De Contraste de Fases.-

Esta técnica se utiliza para estudiar aquellas preparaciones de desidad homogenea y transparente cono bacterias, células, etc. Se utilizan espacialmetne en examen de preparaciones húmedas y de gota pendiente.

De Campo Oscuro.-

Este tipo de microscopios producen un efecto consistente en un fondo oscuro sobre el que se ven los objetos intensamente iluminados. Se utilizan especialemente para observar microorganismos sin teñir suspendidos en liquido.

De Polarización.-

Los microscopios de luz polarizada se utilizan para la observación de sustancias birrefringentes. Estos microscopios se utilizan en Petrografía y Mineralogía, sobre todo para minerales transparentes.

De Luz Reflejada.-

Se utiliza en el estudio de minerales metálicos o cuerpos opacos. Reciben el nombre de Matalográficos. Su diferencia con los anteriores es el sistema de iluminación. En este caso el foco de luz polarizada incide de manera perpendicular sobre la superficie pulida y sin cubreobjetos.



MICROSCOPIO ELECTRÓNICO
De Barrido (MEB).

En el microscopio electrónico de barrido (MEB) o microscopia de exploración electrónica (SEM), los electrones inciden desde arriba sobre la preparación, por ello la muestra puede ser de cualquier tamaño o grosor. Aunque el microscopio de barrido no alcanza la resolución del elctrónico de transmisión, da una excelente impresión tridimensional.

De Transmisión (TEM).

En este tipo de microscopia el haz de electrones atraviesa el material que se desea observar. La imagen se forma sobre una pantalla fluorescente como lo haría en una pantalla de televisor.
Su limitación se encuentra en que sólo es útil para una muestra de determinado grosor. La muestra debe ser delgada, estable y poco endeble par no romperse al ser manipulada.
Las técnicas que más se utilizan para este tipo de microscopio son: tinción negativa, microtomía y congelación.

Microscopio Confocal de Barrido Láser.

Utiliza tecnología láser. Permite observar secciones finísimas dentro de una muestra fluorescente, así como digitalizar y reconstruir a gran velocidad las imágenes de alta resolución en tres dimensiones.